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绩效工资分基础和奖励两部分
在实施绩效工资前，各单位需核定绩效工资总量，总量由相当于单位工作人员上年度12月份基本工资的额度和规范后的津贴补贴构成。
实施绩效工资后，单位员工的工资将分为基础性绩效工资和奖励性绩效工资两部分。基础部分在绩效工资中占6－7成，包括生活补贴、岗位津贴和乡镇工作补贴三项，按月发放。
绩效工资的奖励性部分则是单位员工工作量和实际贡献的反映，在绩效工资中约占3－4成。省公务员局等部门明确，这部分工资按照考核结果发放，可采取灵活多样的分配方式和办法。各地市、县(区)将根据实际确定奖励性部分的综合考核目标和考核奖励项目，具体标准由各自单位确定。
绩效考核向业务骨干倾斜
实施绩效工资后，公共卫生和基层医疗卫生事业单位的工资激励导向将更加明显。近期，卫生、人口计生主管部门将制定绩效考核办法，根据不同的岗位实施分类考核，考核结果重点向关键岗位、业务骨干和成绩突出的工作人员倾斜。
《意见》同时明确要求，公共卫生事业单位内部绩效工资分配，应向承担疾病防治、突发公共卫生事件处置与救治、环境恶劣的现场工作等任务的岗位倾斜；基层单位应向临床一线的岗位倾斜。
国家津贴不纳入绩效工资
绩效工资实施后，国家规定的护龄津贴、医疗卫生津贴、卫生防疫津贴等特殊岗位津贴补贴仍继续执行，不纳入绩效工资管理；原省及省以下各级政府以及单位自行建立发放的各种津贴补贴，一律归并到新的绩效工资内。
另外，一些改革性补贴，在国家相关政策(即国家《关于严肃纪律加强公务员工资管理的通知》)下发前发放的可以暂时保留，不纳入绩效工资，但一律不得再出台新的改革性补贴项目，也不得提高现有补贴的标准和扩大发放范围。
绩效工资不作为单位离退休人员计发离退休费的基数。