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1.被告负举证责任的原则我国的行政诉讼制度采取被告负举证责任的分配原则，行政诉讼法第32条对此有极为明确的规定，即“被告对作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。”而且，由于行政诉讼法的立法者清楚地意识到个人、组织在面对行政机关时所处的“弱者”地位，有意通过举证责任的分配来使双方在诉讼中的地位趋于平等，因此，非常有意思的是行政诉讼法本身除了第32条以外，再无任何举证责任的分配规则。行政诉讼之所以由被告承担举证责任，主要有以下两个方面的理由：
（1）原被告举证能力的对比要求被告承担举证责任原告提起行政诉讼，质疑具体行政行为的合法性。可是，一方面，具体行政行为毕竟不是原告而是被告作出的，被告是根据哪些事实、考虑了哪些因素作出该具体行政行为的，被告最为清楚，原告很难完全了解或者掌握。在此情况下，一定要让原告承担举证责任、证明具体行政行为的违法性，会使原告处于非常不利的境地。另一方面，在大多数行政管理案件发生时，行政机关收集、调取、保存证据的能力要远远强于行政相对人，许多相关的证据更有可能是在行政机关的掌握之中，行政相对人能够收集、掌握的证据相对而言是非常少的。让原告承担举证责任、证明具体行政行为的违法性，意味着原告需要举出证据来反驳行政机关的证据，这是明显不公平的。
2.原告负举证责任的情形。在行政诉讼制度运作过程中，法院发现行政诉讼被告负举证责任原则不应成为绝对的，否则，在某些问题上，就会出现十分荒谬或者对行政机关也非常不公的现象。参考其他国家的诉讼制度，似乎也没有把举证责任分配单一化的作法。因此，最高法院通过司法解释第27条，明确规定针对以下三种事项，原告承担举证责任：
（1）证明起诉符合法定条件，但被告认为原告起诉超过起诉期限的除外根据行政诉讼法和司法解释，行政相对人提起诉讼必须符合一些法定的条件，如原告是认为具体行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或者其他组织、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实根据、属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖、在法定起诉期限内提起诉讼、遵循了法律关于行政复议与行政诉讼关系的规定，等等。司法解释第27条第（1）项要求原告必须举证证明起诉是符合这些条件的；只是，如果被告主张原告起诉超过起诉期限，那么，被告就必须举证证明之。
（2）在起诉被告不作为的案件中，证明其提出申请的事实这是司法解释第27条第2项的规定，目的在于解决实践中存在的这样一个问题：行政相对人曾经向被告行政机关提出申请，请求行政机关依法履行职责，但行政机关始终未给予明确的答复。待法定的行政机关履行职责期限（若法律、法规、规章未作明确规定，依照司法解释第39条，行政机关应当在接到申请之日起60日内履行法定职责）届满，行政相对人提起行政诉讼，而行政机关却在应诉时有可能提出自己并未收到此类申请。若双方当事人就行政相对人是否提出过申请存在不同主张，那么，根据举证责任一般分配给持肯定性主张的一方这一原理，应该由行政相对人来证明其确实提出过申请。因为，行政机关既然主张自己“没有”收到申请，要求其承担举证责任证明这一点，是比较荒谬的。当然，司法解释的这一规定，实际上要求行政相对人在提出申请的时候能够保留相应的证据，而如果要做到这一点而又不致于给行政相对人增加过多的负担，就应该适当地改革行政管理制度。比如，规定行政机关在行政相对人提出申请的时候必须给予行政相对人一个凭证表明行政机关已经收到此申请。
不过，司法解释此举仍然有一疏漏之处，忽略了紧急情况下有的法定职责的履行并不以行政相对人的申请为前提。比如，一个人的生命安全正在遭到非法分子的侵犯，而此时某正在值勤的巡警经过当场，那么，其法定职责要求他及时制止这一违法行为，而不管受侵害人是否提出“申请”。
（3）在一并提起的行政赔偿诉讼中，证明因受被诉行为侵害而造成损害的事实司法解释第27条第（3）项的这一规定，主要是考虑到：当行政机关的违法行为造成行政相对人损害、行政相对人提出赔偿请求时，通常情况下，行政相对人更有能力证明自己受到损害的事实情况。个人的身体受到伤害，可以通过医院出具的诊治单据证明伤害情况；个人或者企业的货物因被行政机关非法变卖而受到损害，可以提供表明货物原价值的材料或者证人证言，以证明损害的大小；等等。此时，若要行政机关去证明行政相对人赔偿请求中提出的损害事实，也是比较荒谬的。
但是，复杂的现实又要求我们不能一概而论。由于司法解释规定原告必须“证明因受被诉行为侵害而造成损害的事实”，这就意味着原告必须提出两个层次上的证明：一是损害事实；二是损害乃被诉行为所致，即存在因果关系。然而，现实中曾经出现过这样的事例，行政相对人被传唤到公安机关，后其家属接到通知，行政相对人因某疾病突发而在公安机关当场死亡，家属怀疑公安机关工作人员违法使用警械，但公安机关始终未肯进行尸检，并责令尽快火化尸体。尸体火化后，家属提出行政诉讼和赔偿请求。此时，若机械地运用司法解释的规定，家属就无法证明行政相对人的死亡是由于公安机关工作人员违法行为所致。有的国家的证据法，推定在此情况下公民的死亡乃行政机关违法行为造成的；有此推定就可以解除行政相对人一方的举证责任，并把举证责任转移给行政机关，由行政机关证明公民的死亡确实属于自然疾病；若行政机关不能证明，则其承担败诉后果。如上所述，我国证据规则还在发展之中，“推定”和“转移举证责任”的理念尚未完全制度化。
司法解释第27条除了明确规定以上三种事项由原告承担举证责任以外，又在该条第（4）项规定了一个兜底条款，即“其他应当由原告承担举证责任的事项”。这应该是在行政诉讼举证责任分配规则上一个较大的进步，因为它意味着最高法院认识到，在举证责任的分配方面尚有许多需要视具体情况而定的问题，原告需要负举证责任的情形绝对不止司法解释现在所列举的情形。最高法院已经从行政诉讼法的举证责任分配单一模式中解脱出来，以更加现实的态度来对待可能出现的各种情况。当然，法院在分配举证责任方面的任何新的探索，都应该尽可能快地以规则或者判例形式出现，以保证法律制度运作的统一。