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增值税专用发票作废后的处理，对于满足专用发票作废条件的，销售方取得发票联、抵扣联后，须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票(含未打印的专用发票)各联次上注明“作废”字样，全联次留存。这里要注意的是，专用发票作废需要在纸质和电子双重环境下操作，不能漏了任何一方。如果只进行了手工作废，而防伪税控系统没有进行作废处理，则不仅专用发票不能作废，而且还造成数据比对不符。
操作程序。通过开具红字专用发票作废的，按以下规程操作。即：增值税一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。这些操作环环紧扣，缺少一个环节或一项证明则不能开具红字专用发票，也就不能作废专用发票。
需要注意的事项。目前增值税的抵扣政策是，不论购买方对专用发票在会计上如何处理，只有销货方报税、购买方在规定的时间内到主管税务机关认证、比对成功后才能彻底抵扣，这就决定了专用发票作废条件的复杂性，手续也相对烦琐。因此，购买方对取得的专用发票需要作废，要做到不耽误太长时间，也不会产生税收风险，必须注意以下几点：一是在购进货物或劳务的开票现场对取得的专用发票进行一次手工全面审核，发现有误当场要求销售方作废重开。二是财务部门收到专用发票后立即与采购部门购进货物或劳务验收情况进行核对，发现按合同规定需要退货或应索取折让未索取或发现其他争议不能按专用发票所列金额全额付款时，要及时通知销售方财务部门。三是财务部门收到专用发票并接到采购部门后验收无误通知后，必须立即到主管税务机关对专用发票进行认证，发现“纳税人识别号认证不符”或“专用发票代码、号码认证不符”时立即通知销售方财务部门。四是必须在开票的当月将需要作废的专用发票赶在销售方抄税和记账前转交到销售方。