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1、出口发票开具时间问题
出口发票是出口企业办理退税的一个重要单证。出口退税要求企业提供的是税务机关监制的出口发票，增值税专用发票及出口发票的开具时限要求在该笔出口货物的出口退(免)税申报期限前开具。
2、出口企业销售处理问题
(1)外贸企业在货物出口时，应在货物报关出口的当月做销售处理(月底结帐后出口的货物可在次月做销售处理)。
(2)生产企业产品按FOB价出口的，应在货物报关出口的当月做销售处理;按CIF价出口的，应在货物报关出口并能准确确认出口报关单所注明的国外运费、保险费、佣金后做销售处理。
3、外贸企业国内采购原料加工出口问题
目前外贸企业出口方式呈现新的特点，即在国内购料、委托生产加工后再出口。这种方式的特点是出口货物名称与企业在申报退税时所提供的增值税专用发票上的货物名称不符，且一张报关单对应多张发票。从这种方式已退税申报情况看，存在加工合同简单、发票开具不规范等问题。为规范管理，明确如下要求;
(1)企业在申报退税时，必须同时提供主料与加工费的增值税专用发票，如两者中只能提供一张增值税专用发票(主料或加工费)，将按单证不齐予以征税。
(2)企业在申报退税时，提供的原料购销合同和委托加工合同内容要详细、规范。即购进原料在购销合同上要有详细的数量、单价、金额、结算方式、运输方式等;委托加工合同必须注明单耗、损耗以及所提供料件和加工成品的数量等。
(3)国内购料、委托生产加工后出口商品的换汇成本不能高于出口汇率。如出现换汇成本高的问题，按第三条规定调整后计算退税额。
(4)国内购料、委托生产加工后出口商品分别是按原料和加工商品的退税率办理退税，对原料与出口商品的退税率一致的，可统一按出口商品的退税率办理退税。为确保退税率使用的准确性，出口企业在退税申报时必须提供原料的出口商品编码，以便退税机关查询和确定退税率。