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现实情况中，宅基地使用权通常与地上的房屋一并转让，单独转让宅基地使用权的情形非常少见。因此，实践中多见的是因宅基地上房屋转让而引发的纠纷。根据农村宅基地上房屋转让合同主体的差异，可以将农村宅基地上房屋转让合同纠纷分为三类：一是农村本集体经济组织成员之间的纠纷;二是农村本集体经济组织成员与外集体经济组织成员之间的纠纷;三是农村本集体经济组织成员与城镇居民之间的纠纷。因为合同主体的不同，在适用法律认定宅基地上房屋转让合同效力时也会得出不同的结论。
1、对农村本集体经济组织成员之间的农村房屋转让合同应认定有效。
因购买者是本集体经济组织成员的，宅基地使用权可以在本集体成员内部流转。因此，对本集体经济组织成员之间农村房屋转让，只要转让双方所订立的转让合同符合合同法关于有效合同要件，就应当认定转让合同有效。
2、本集体经济组织成员与外集体经济组织成员之间的房屋转让合同应当认定有效。
我国的相关法律、法规虽然禁止将农村宅基地使用权向本集体经济组织成员以外的人转让，但对农村居民转让房屋所有权并无禁止性的规定，而国家相关政策也无禁止向本集体经济组织外的农村居民出售房屋的规定。因此，对这类农村房屋转让合同，只要其符合合同法关于有效合同其他要件，也应依法认定为有效合同。
3、对于农村本集体经济组织成员与城镇居民之间的房屋转让合同应当认定无效。
国务院办公厅《关于加强土地转让管理、严禁炒卖土地通知》和国土资源部《关于加强农村宅基地管理的意见》均已有明确规定，农民的住宅不得向城市居民出售。因此，对农村本集体经济组织成员与城镇居民之间的房屋转让合同应当认定无效。
对农村宅基地上房屋转让行为发生以后如何处理问题，审判实践中通常存在以下几种情形：
第一，对于发生在农村集体经济组织成员之间的农村房屋转让，如查明无欺诈、显失公平的情形存在，应认定房屋转让合同有效，驳回当事人要求退房退款的诉讼请求。
第二，对于将房屋出售给本集体经济组织以外人员的，如果取得有关组织和部门批准的，可认定合同有效，判决驳回当事人要求确认合同无效的诉讼请求。
第三，对于将房屋出售给本乡(镇)以外人员，未经有关组织和部门批准，如果合同尚未实际履行的或者购房人尚未实际居住使用该房屋的，该合同应当作无效处理，双方当事人应各自返还房屋及购房款。
第四，对于将房屋出售给本集体经济组织以外的人员的，未经有关组织和部门批准的，如果合同已实际履行完毕，且购房人已实际居住使用该房屋的，应本着尊重现状、维持稳定的原则，立足调解，承认购房人对房屋的现状以及继续占有、居住和使用该房屋的权利。
第五，对于将房屋出售给本集体经济组织以外人员的，未经有关组织和部门批准，如果合同已实际履行完毕，且购房人已实际居住使用该房屋的，如果认定合同无效，在决定退房退款时，要全面考虑到合同无效对双方当事人的利益影响以及各方的过错责任大小，尤其是出卖人因土地升值或拆迁、补偿所获利益，以及买受人因房屋现值和原转让价格的差异造成的损失;其次，对于买受人已经翻建、扩建房屋的情况，应当对其添附价值进行补偿。