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我国企业破产法（试行）第五条及民事诉讼法第二百零五条规定，破产诉讼由普通法院管辖。由于我国司法状况尤其是破产立法尚有诸多不能尽如人意的地方，有人认为可以仿效破产立法和司法都做得非常出色的美国，设立最高法院的区域分院来专门处理跨省的破产案件。此观点在理论上似乎无懈可击，但在实践上却有诸多问题，第一，持论者倡导建立直属于最高法院的第二套法院系统来专门处理破产案件，其初衷是克服我国司法领域的地方保护弊端，实现法律追求的公平正义。但是，地方保护倾向并非破产司法所独有。现实情况是，几乎每种司法程序无论合同纠纷诉讼还是知识产权方面的诉讼，都有地方保护主义的幽灵如影随形。如果照上述逻辑，在独立的破产法院系统之外，是否又要设专门的知识产权法院、税务法院、合同法院？第二，更关键的问题是，建立这么一套破产法院系统是否果真有化腐朽为神奇的力量，将积重难返的地方保护化解于无形？如果答案是否定的，自然令人悲哀；即便答案是肯定的，在我们这样一个法治文化意识落后、官本位思想难以尽除的国家里，消除了地方保护阴影，难保不又出一个权力保护主义或者别的什么主义？并且，如果将破产法院直接隶属于最高法院就能消弭地方保护主义的话，那我们完全可以认为已经为正在进行的司法体制改革找到了目标模式。我们大可以将现有的各级地方法院直属于最高法院管辖，这样就一揽子解决了地方保护问题，也许还能部分地解决司法不公、司法腐败问题。比起单独构建一套破产法院系统，只能部分地解决司法领域中的地方保护主义倾向来说，这应是事半功倍的更佳方案。反过来说，如果我们真的只建立专门的破产法院而不寻求地方保护主义的整体解决，一定程度上是暗示现存的地方保护主义之合理性，因为地方保护主义会认为自己无法战胜，所以只能对其让步和逃避。第三?也是最重要的一点，地方保护主义的彻底根除有赖司法体制的革故鼎新，司法制度的深层次改革有赖于政治体制改革的推进，而目前我国政治体制改革尚未取得根本突破，司法环境有待完善，全社会的法治意识仍需大力培养，在这种情况下，即使建立了直属于最高法院的专门的破产法院系统，恐怕不仅于事无补，相反徒增机构官吏而已。
所以，在目前，较为现实的做法是各级法院应设立破产法庭专门处置破产案件，另一方面大力推进司法制度的深层次改革。
（一）关于级别管辖
企业破产法（试行）及民事诉讼法都只原则规定了地域管辖，没有规定级别管辖。最高人民法院的司法解释具体规定了级别管辖。即以企业法人进行工商登记的工商行政机关的级别为依据划分管辖级别。县、县级市或区的工商行政管理机关核准登记的企业的破产案件由基层人民法院管辖；地区、地级市以上的工商行政管理机关核准登记的企业法人破产案件，则由中级人民法院管辖；个别案件可视情况实行移转管辖。
根据民事诉讼法学的基本原理，划分级别管辖的标准有三个：案件性质、繁简程度及影响范围。单就繁简程度而论，可以发现现行破产管辖划分标准的问题：并非县级工商行政管理机关核准登记的企业破产案件就一定简单，反之，也不能说地市级以上工商行政管理机关核准登记的企业破产案件就一定更复杂。同理，影响范围也不一定与破产企业的工商登记机关成正比。所以，有必要讨论改革现有级别管辖制度。
笔者以为，可采用主体标准和注册资本金标准来划分级别管辖。根据新破产法草案第二条对破产法适用主体的规定及破产法理，破产主体可分为自然人、企业和依法设立的其他经济组织。其中，自然人破产、遗产破产由基层法院管辖，注册资本金5000万元以下的企业和其他经济组织破产仍由基层法院管辖，5000万元以上的由中级法院管辖。这里有几点需要说明：1.现行破产法并不适用于自然人，但向商人破产主义和一般破产主义的转化是大势所趋，已为现代绝大多数国家采纳，相信我国迟早也会走到那一步。实际上新破产法草案第二条规定的适用主体中，不仅有合伙企业及其合伙人，而且有个人独资企业及其出资人，这实质是赋予了特定的自然人以破产能力。2.之所以考虑运用注册资本金这一标准，首先，注册资本本身就是对外交易、承担债务的担保，运用它作划分破产级别管辖的依据顺理成章；其次，我国实行法定资本制度，注册资本必是一个确定的数额；最后，注册资本便于债权人知晓。通常，债权人在和企业作交易前，会通过查验营业执照了解对方的注册资本，而且随着工商档案管理的科学化、网络化、公开化，查询某个企业的注册资本将不再是难事。3.为什么以5000万元作分界标准？其一，主要考虑我国企业总数中中小企业占绝大多数，而一般中小企业注册资本超过5000万元的不会很多，这就避免将过多的案件交由中级法院管辖；其二，证券法规定，我国证券公司的最低注册资本为5000万元（证券有限责任公司为5000万元，证券股份有限公司为5亿元），保险法规定保险公司的最低注册资本金为2亿元。这样，依据上述标准，证券公司或保险公司以及银行等万一破产，其管辖法院只能是中级或以上人民法院。因为这些金融机构一旦破产，其债权债务关系之复杂、牵涉当事人之多、社会影响之大，都恐非基层法院所能胜任。4.合伙企业破产则必是其合伙人破产，个人独资企业破产则必是其出资人破产，在这种情况下，究竟是看做自然人还是企业呢？综合权衡，笔者认为将其视做企业似乎既合法理，又合实情。