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一、有限合伙企业与公司制企业组建时的会计与税收问题
有限合伙人投资于有限合伙企业后，即按占伙比例在合伙企业占有相应份额，此时，有限合伙人在账面上如何进行财务处理?我国《企业会计准则》和会计制度中耒作明确规定。如果记入“长期股权投资”科目，显然不妥，因为有限合伙企业不存在股份和“股权”问题。记入“长期应收款”等作为普通债权性资产也属不当，因为《合伙企业法》中规定，合伙人在合伙企业清算前，一般不得请求分割合伙企业的财产。为此，笔者建议增设“长期投资”科目，用于核算有限合伙人的投资资产。投资以后，对于投资的核算方法存在权益法与成本法之间的选择问题，笔者认为基于合伙企业的特性及谨慎原则，应采用成本法。这种核算方法也贴近《合伙企业法》中规定的控制权、管理权条款：有限合伙人不执行合伙事务，不得对外代表有限合伙企业。
般观点认为，合伙企业的所得税负担轻于公司制企业。理由是：对作为投资人的自然人在税收成本上有一定差别，公司制企业存在企业所得税双重征税问题，而合伙企业只对合伙人征收一重所得税。
《合伙企业法》、新《企业所得税法》以及新《企业所得税法实施条例》均明确境内合伙企业不征收企业所得税，而早在2000年9月，财政部、国家税务总局根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》中有关“对个人独资企业和合伙企业停征企业所得税，只对其投资者的经营所得征收个人所得税”的规定，制定了《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》，明确自2001年1月1日起执行。
基于上述规定，合伙企业与公司制企业的税收差别主要表现在投资人身份为自然人时。
例1：现有两名自然人拟设立一家企业，如果设立公司制企业且有所得，则其所得税综合税负为：25%+(1-25%)×20%=40%。即假定公司有应税所得100万元，先缴纳企业所得税25万元(税率按25%计算)，税后利润75万元在分配给个人时，再扣缴股东20%税率的个人所得税，计15万元。合计的所得税税额为40万元。如果所投资公司为上市公司，则分红环节的个人所得税目前减半征收，综合税负略低。
如果改为设立合伙企业，则企业不缴纳企业所得税，100万元利润全部分配合伙人时，由合伙人缴纳个人所得税，税率为五级超额累进税率。根据规定，假定上述利润由两名合伙人平分，则应缴个人所得税为：[(500000×35%-6750)]×2=336500(元)。所得税综合税负为33.65%。
不过，如果进一步结合我国目前的税收制度，可以发现设立合伙企业的所得税成本不一定是低于设立公司制企业的。现不考虑投资人是境外企业或自然人的情形，试作分析如下：
首先，如果公司制企业的股东是自然人，企业实现的所得在缴纳25%的企业所得税后，只要不向个人分配税后利润，股东层面的个人所得税便可向后递延，现时税负只有25%。而合伙企业实现的所得无论是否向自然人合伙人分配，都要按占伙比例或按合伙人人数分配所得，对照五级累进税率征收个人所得税，当个人所得超过5万元后，累进税率便达到35%。可见，合伙企业看似只对股东实体征收一重所得税，但边际税率较高，且不能延迟纳税义务。另外，从2008年1月1日起我国新《企业所得税法》实施以后，国家重点扶持的高新技术企业所得税率降至15%，小型微利法人企业所得税率降至20%，且适用范围有所放大，相形之下，合伙企业的税收优势又有所弱化。