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企业所得税清算的主体
根据财税〔2009〕60号文件，下列企业应进行清算所得税处理：一是按《公司法》、《企业破产法》等规定需要进行清算的企业;二是企业重组中需要按清算处理的企业。《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)规定，企业由法人转变为个人独资企业、合伙企业等非法人组织，或将登记注册地转移至中华人民共和国境外(包括港澳台地区)，应视同企业进行清算、分配，股东重新投资成立新企业;企业发生合并、分立业务不符合特殊处理条件的，被合并、分立企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
企业清算程序及涉税分析
(一)关于清算程序依据《公司法》的规定，清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。
进行清算的企业应按照以下7个步骤履行清算程序。一是成立清算组，开始清算。二是通知或公告债权人并进行债权登记，债权人向清算组申报其债权。三是清算组清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，并制定清算方案。四是处置资产，包括收回应收账款、变卖非货币资产等，其中无法收回的应收账款应作坏账处理，报经税务机关批准后才能扣除损失。五是清偿债务，公司财产(不包括担保财产)在支付清算费用后，应按照法定顺序清偿债务，即支付职工工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务。六是分配剩余财产，公司财产在支付清算费用、清偿债务后有余额的，按照出资或持股比例向各投资者分配剩余财产，分配剩余财产应视同对外销售，并确认隐含的所得或损失。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。七是制作清算报告，申请注销公司登记。
(二)清算所得的计算从清算程序看，清算过程就是在企业出现解散事由后对清算资产进行处置、分配，最终了结企业的一切债权、债务的过程。
计算清算所得，主要就是计算全部资产处置过程中产生的所得以及了结一切债权、债务所产生的所得或损失。此外，企业进行清算，即表明已终止持续经营，是企业存在的最后一个过程。因此在计算清算所得时，还要考虑清算前企业尚未确认的递延收益、尚未在税前扣除的待摊费用、已在税前扣除而不再实际支付的预提性质的费用、商誉的扣除以及尚未超过弥补期限的亏损等问题。清算所得可用下面计算公式表示：清算所得=全部资产处置所得-清算费用+确实无法偿还的债务-无法收回的债权损失+尚未确认的递延收益-尚未扣除的税前允许扣除的待摊支出+已在税前扣除而不再实际支付的预提性质的支出-商誉-以前年度发生的亏损。
其中，全部资产处置所得=资产交易价格或可变现价值-资产计税基础-税前允许的税金及附加。税前允许的税金及附加，是指处置资产过程中缴纳的营业税、城建税、教育费附加、印花税、土地增值税等，不包括可以抵扣的增值税和企业所得税。
计算清算所得时应注意以下三个问题：一是企业终止持续经营，应把清算期间作为独立的一个纳税年度;二是计算清算所得时应视同资产隐含的所得或损失已实现;三是计算清算所得时允许弥补以前年度发生的亏损。
(三)清算所得税的计算清算所得税等于清算所得额乘以25%税率。由于清算期间不属于正常的生产经营期间，在计算清算所得税时应注意以下与优惠政策有关的问题。
第一，清算过程中处置一切资产产生的所得均不能享受税收优惠政策，比如技术转让所得，税法规定转让所得500万元以下的免征企业所得税，500万元以上的部分减半征税，如果在清算过程中涉及技术转让转让业务是不能享受上述优惠政策的。但在清算过程中取得的国债利息收入，符合免税条件的股息、红利等免税收入，仍应按税法规定享受免税待遇，取得的不征税收入也不计入清算所得，因为这两项收入不属于与资产处置有关的所得。
第二，清算企业在定期减免税期间发生清算业务也不能享受减免税待遇，即使是国家重点扶持的高新技术企业、小型微利企业以及适用过渡优惠税率的纳税人发生清算业务，计算清算所得税时也不能适用15%、20%或其他优惠税率，而应一律适用25%的企业所得税税率。
第三，清算企业在清算前，因购买国产设备应享受的抵免税额或购买环保、节能节水、安全生产专用设备抵免税额尚未执行到期的，应允许纳税人从清算所得税额中减去上述应享受的抵免税额。因为投资抵免税额不是在清算过程中产生的，而属于纳税人正常生产经营期间应享受但尚未享受完的税收优惠，因此应允许其在清算过程中享受。
第四，创业投资企业在清算前，投资于未上市的中小高新技术企业且符合抵扣应纳税所得额相关规定的，其投资额70%尚未完全享受抵扣应纳税所得额的，应允许创业投资企业将其余额抵扣清算所得。
可供分配剩余财产的税务处理
可供分配剩余财产，是指企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款并清偿企业债务后的余额。可供分配剩余财产的税务处理，主要涉及清算企业股东分回剩余财产计税基础的确定及所得税处理两个问题。由于清算企业已按税法规定确认了可供分配剩余财产的转让所得，因此依据财税〔2009〕60号文件规定，被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础;因股东身份不同(居民企业、非居民企业、中国公民、外籍个人)分回剩余财产的所得税处理不同。财税〔2009〕60号文件规定，清算企业股东为居民企业的，其分得剩余资产的金额，相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得;剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。需要说明的是，如属于股东投资转让损失，只有经过税务机关批准后才能税前扣除。
清算所得税申报表重点项目的填写
(一)资产处置损益。本项目依据附表一填写，填写附表一时，要把握两个重点。一是要正确确认可变现价值或交易价格。由于清算结束后，清算企业将不存在任何资产，应确认全部清算财产的处置损益。因此，资产真正变卖的应填写交易价格，作为剩余财产分配给股东的应填写可变现价值。二是应正确确认资产的计税基础。资产的计税基础是指企业计算应纳税所得额时按照税法规定可以自应纳税所得额中抵扣的金额，资产的计税基础不一定等于账面价值，比如交易性金融资产期末应以公允价值计量反映其账面价值，而其计税基础却保持不变，即按取得时实际支付的历史成本确定。
(二)负债清偿损益。本项目依据附表二填写。所谓“负债清偿损益”，即在偿还负债时，实际支付金额小于负债计税基础的金额，也就是税法上所说的确实无法偿还的债务。负债的计税基础是指负债的账面价值减去未来期间计算应纳税所得额时按照税法规定可予抵扣的金额。一般情况下，负债的账面价值与计税基础是相同的。
(三)其他所得或支出。本项目主要包括无法收回的债权损失、清算前尚未确认的递延收益、尚未在税前扣除的待摊费用或已在税前扣除不再实际支付的预提性质的支出等，其中无法收回的债权损失，经过税务机关批准后才能计算扣除。
(四)弥补以前年度亏损。本项目填写金额应包括清算当年正常生产经营期间发生的亏损额，并且弥补的年限应从当年算起，向前推算4年，共计允许弥补5年发生的亏损。
(五)减(免)企业所得税额。如前所述，本项目只能填写尚未抵免完的“购置国产设备”或“安全生产、环境保护、节能节水”专用设备按税法规定应享受的抵免税额。