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影响股权转让合同效力的因素纷繁复杂，其结果也存在较大差异。本文将重点分析股东出资瑕疵状态下股权转让合同效力的认定原则及其审判思路。
一、认定原则
（一）妥善把握商法规则和民法规则的衔接适用
商法是民法的特别法，而特别法的适用应当优于一般法。因此，凡涉及商事活动的法律适用，首先考虑适用商法规则，如果商法未作规定，则依照民法规则补充适用的原则，适用民法规定。比如，我国公司法对有限责任公司的股权转让设专章规定，但公司法对商事合同的订立及效力未作明确规定，要解决这个问题，必须考虑适用合同法上的相关规则。因此，要正确认定瑕疵股权转让合同的效力，就必须做好公司法和合同法的衔接适用工作，避免因有限责任公司股权转让与公司法存在高度关联，而盲目排斥合同法相关规则的适用。
（二）辩证运用商法思维和民法思维
商法是由民法衍生而来，两者具有关联性，但商法思维和民法思维又各有侧重。商法思维最基本的价值取向是维护商事交易的效益，即应当坚持效益优先、兼顾公平等价值；而民法思维最基本的价值取向恰恰相反，即坚持公平优先、兼顾效益等价值。因此，商事法官要注意避免将商事纠纷简单等同于民事纠纷处理，而应遵循商法思维和商事审判理念，适度侧重从保护商事交易的便捷和安全着眼，尊重商事主体订立商事合同的自由，不轻易认定合同无效，如股权转让往往涉及多方利害关系人，一旦股权转让合同被认定无效，其影响将波及多处，故应慎重把握。同时，商事法官又应将民法思维和商法思维辩证地统一起来，不能忽视商事审判还始终承担着维护交易公平的使命。
二、审判思路
（一）出资瑕疵本身对合同效力的影响
根据现代公司法原理，被载入公司章程、股东名册或者经过工商注册登记的瑕疵出资股东，若非经过合法的除权程序，应认定具有公司股东资格并享有股东权利，因而亦有权处分股权。换言之，有限责任公司股东出资瑕疵本身原则上不影响瑕疵股权转让合同的效力。具体分析如下：
1．出资瑕疵即无股东资格既缺乏法律依据，又有损公示效力。按照通说，投资者适当履行出资义务是其取得股东资格的实质要件，但对适当履行出资义务是否构成取得股东资格的必要条件，各国公司立法大多未予明确，我国公司法也不例外。此外，被记载入公司章程、股东名册或者工商登记材料往往被认为是取得股东资格的形式要件，同时也是公司外部的民商事主体判断公司股东构成情况的重要依据。因此，在现行立法未作明确规定的前提下，若以出资瑕疵为由径直否定股东资格，将损害上述材料的公示效力，不利于维护商事交易的便捷和安全。
2．现行公司立法及司法解释有关瑕疵出资责任的规定隐含了瑕疵出资股东具有股东资格的前提。公司法及相关司法解释规定了瑕疵出资股东应对公司承担差额补充责任、对其他出资无瑕疵股东承担违约责任以及在瑕疵出资范围内对公司债权人承担补充赔偿责任，这些规定主要是以瑕疵出资股东仍具备股东资格为逻辑前提的，主张出资瑕疵即无股东资格将使相关民事责任追究丧失依据，最终会损害公司及其债权人的合法利益，这显然与维护公司存续和保护利害关系人合法利益的现代商法理念相悖。
3．部分公司实践发达的国家直接或间接地确认了瑕疵出资股东具有股东资格并享有股权。譬如，《法国商事公司法》第282条第1-2款规定，未支付股款的股东，相继的受让人和认股人对股票未支付的股款负连带责任。又如，《德国有限责任公司法》第16条第3项规定：对于在申报时股份中尚未缴付的款项，购买人与转让人共同承担责任”等等。这些规定均是以承认瑕疵出资股东具有股东资格以及可以转让瑕疵股权为其逻辑前提的，与我国现行公司立法的精神相契合，应予借鉴。