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为保护海洋生态环境，落实政府环保责任状，减少水产养殖对海洋环境的污染，南安市严格按照海水养殖污染整治方案，采取“两手抓”策略，对海水养殖污染进行整治。
一、抓污染整治：
一是规范养殖秩序，严格按照南安市海洋功能区划进行合理布局，并对侵入航道阻碍海上交通的养殖区进行清理。
二是开展海上浮筏式和池塘养殖区污染整治工作。选择石井镇菊江、桥头2个渔村为整治示范点，结合“海漂垃圾”治理和“家园清洁”活动，从“海上整治、村庄整治，建立机制，巩固成果”入手，通过清理滩涂和海上垃圾，规范海上养殖，并在村庄设立防范陆源污染物污染海洋的简易设施，建立专门的卫生保洁队伍，形成一套切合实际、易于操作管理的陆域、海域相结合的卫生保洁长效制度，达到长期防范和治理海洋环境污染的目的。
三是重视和加强重点浅海滩涂养殖区的环境保护管理。要求养殖户不向海洋丢弃垃圾，并自觉清理自己养殖区内的各种海上漂浮物，统一集中上岸定点投放。大力推广泡沫浮球套袋，防止泡沫浮球碎末在海上漂流;定点试验pvc塑料水管灌浆水泥做桩，替代传统的竹桩，减少竹桩老化、损毁形成海漂垃圾对环境的污染及对养殖生产的潜在威胁。
二、抓新技术推广：
一是推广生态养殖技术，切实解决海洋水产养殖污染和海区富营养化问题。南安市开展了牡蛎采苗预报，推广牡蛎筏式养殖，利用牡蛎的自然食性消耗浮游生物,减少蛎壳掉落;
二是大力推广紫菜养殖，建设海上田园，充分利用海藻吸收海水中的营养盐,走生态防治道路，解决海区富营养化问题;
三是在虾池养殖方面，开展渔民养殖技术培训和环保教育活动，推广虾、蛤、蟹混养的生态养殖模式;
四是推广五新技术，解决农业面源入海污染。南安市大力引进新技术、新产品等，通过推广户用沼气、绿色饲料、禽畜生态养殖等措施，使农业面源污染整治取得明显的成效，减少了陆源垃圾排放入海。