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《行政处罚法》和《税收征收管理法》是审计机关和税务机关对税收违法行为进行处理处罚时所应当依据的法律规范。在执法实践中，有少数同志对如何做好二部法律的衔接工作仍然存在一些模糊认识。因此，导致对税收违法行为的处罚不到位，具体表现在以滞纳金代替罚款、错误理解处罚追究时效二个方面。
首先，在对税收违法行为的罚款处理上，《税收征收管理法》第六十条至七十三条对税收违法行为的罚款作出了明确的规定。但对到期不缴纳罚款的行为却没有明确的加处罚款规定。《行政处罚法》第五十一条第(一)款规定，当事人“到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款。”但由于新、旧《税收征收管理法》均没有作出类似规定，有人认为税务机关不应执行。所以，一些地方税务机关很少有人适用该规定对税收违法当事人到期不缴纳罚款的行为依法加处罚款。
《行政处罚法》是由全国人民代表大会制定的，是我国一切行政机关从事行政活动的基本法。审计和税务机关对税收违法行为的处罚决定是行政处罚决定，在《税收征管法》及有关法律没有特别规定的情况下，执行行政处罚决定应当遵循《行政处罚法》的有关规定。在作出罚款的行政处罚决定后，当事人到期不缴罚款的，执法机关应当依法加处罚款，这是法定职责，如若放弃，则构成行政不作为。
造成这一问题的部分原因在于一些执法人员混淆了加处罚款与滞纳金的区别。税务人员认为缴纳了滞纳金就不应加处罚款，审计人员往往忽略了滞纳金，而以罚款代替。《税收征管法》第三十二条规定：“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。” 加收滞纳金和罚款是两个不同的具体行政行为，对逾期申报行为既加收滞纳金又处予罚款，没有违反《行政处罚法》中一事不二罚的原则。
滞纳金是纳税人、扣缴义务人占用国家税款而应缴纳的一种经济补偿。有人认为滞纳金是属于罚款的一种，这缺乏法律依据。按照《税收征收管理法》第三十二条和《税务行政复议规则(试行)》规定，滞纳金明显属于征税行为。《税务行政复议规则(试行)》第七条规定税务机关作出的征税行为包括：征收税款、加收滞纳金;扣缴义务人、受税务机关委托征收的单位作出的代扣代缴、代收代缴行为。罚款是行政主体强迫违法行为人缴纳一定数额的钱款从而依法剥夺违法行为人某些财产权的一种处罚，属于行政处罚行为。因此，税务机关加收纳税人滞纳金和对纳税人罚款，是两个不同的具体税务行政行为。而《行政处罚法》第二十四条规定：对当事人同一违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。这就是一事不二罚的具体体现。由于加收滞纳金不是罚款，因此，税务机关对逾期申报行为加收滞纳金并罚款，没有违反《行政处罚法》所确定的一事不二罚的原则。