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近年来，许多学者主张对牵连犯统一实行数罪并罚，并提出了诸多的理论依据。在多种观点中，较为一致的看法是：在牵连犯中确立数罪并罚原则，是实现罪刑相适应原则和我国刑罚目的的必然要求，并有利于解决当前司法实务中遇到的困境，符合立法发展趋势。如有学者认为，牵连犯数行为的犯罪构成的基本性质是不同的，因此，牵连犯是实质数罪，根据犯罪构成定罪的标准，牵连犯这种异质数罪的情况当然构成了数罪并罚的前提;也有学者认为，根据罪刑相适应原则，对牵连犯采用数罪并罚更合乎罪刑相当原则的要求;还有学者认为，如从深层次的角度考察牵连犯的构成特征，可以发现牵连犯中数个独立的危害行为，均为分别完整地具备某一具体犯罪的全部构成要件，它们与牵连关系的数个完全独立的犯罪相比，在本质上并无根本的差异。牵连犯罪的社会危害性，不是取决于数个犯罪之间的牵连关系，而是在根本上取决于其所构成的犯罪的性质、个数和情节等。这些看法都颇有见地，但笔者认为，他们都只是从某个侧面对所涉问题进行探讨，并未能在整体上予以把握。
首先，“数罪并罚论”所持的一条重要理由，是认为从世界各国的立法及理论看，对牵连犯实行数罪并罚是大势所趋。笔者认为，如果从牵连犯理论发展的表面上看，似乎确实如此。费尔巴哈1815年在起草的《巴伐利亚刑法典》(草案)中表述了牵连犯的概念，并提出“从一重处断原则”，但此后的100多年间，牵连犯的概念及从一重处断原则并未得到各国刑法学及刑事法律的普遍认可。在当今各国的刑事立法中，除了西班牙刑法第71条对牵连犯予以规定外，即是日本刑法第54条第1项后段及我国台湾地区刑法第55条后段有规定。作为日本牵连犯来源地的德国及法国刑法，在历经数度修正后，早已将牵连犯废止。而日本也在1974年的《修正刑法草案》第67条中，删除了有关牵连犯及其从一重处断的规定。然而，从这一现象全面透视，并不能得出对牵连犯实行数罪并罚的结论，如果真要从此推出结论的话，这个结论也只能是：各国已充分认识到牵连犯理论的局限性，认识到“从一重处断”缺乏理论依据，它难以解决司法实务中出现的纷繁复杂的众多具有牵连关系的犯罪现象。
其次，“数罪并罚论”认为，在牵连犯中确立数罪并罚原则，是罪刑相适应原则的客观要求，是实现我国刑罚目的的必然要求，有利于解决当前司法实务中具体操作的困境。应该说，对牵连犯一律采用数罪并罚，确实有利于司法实务中的操作，然而，问题的关键在于这种“有利”是否具有合理性。如果缺乏合理性，那与一律“从一重处罚说”并没有什么不同，只不过是从一个极端走向了另一极端罢了。“数罪并罚论”认为这是罪刑相适用原则的要求，是实现我国刑罚目的的必然要求，但这令人怀疑。如甲侵入他人住宅进行盗窃，对甲以非法侵入他人住宅罪与盗窃罪实行并罚的话，就存在着不合理性。因为，盗窃罪侵犯的法益是公私财产的所有权，而公民的财产不是藏在其身上，就是藏在其住宅或其他可以藏匿的场所，而刑法规定盗窃罪本身已说明，盗窃的方式包括直接从被害人身上窃取，及从被害人住宅或其他地方窃取。另外，刑法规定非法侵入他人住宅罪的目的就是保护公民的居住安全，这里已经隐含着保护公民的人身安全和财产安全的意思，只不过这里是从一般的意义上加以规定的，而盗窃罪是对公民财产利益的特别保护。在这种情况下，表面上看来，行为人实行了两个行为，前后行为之间具有牵连关系，但这里的两个行为之间具有特殊性，非法侵入他人住宅的行为已和盗窃行为一起被法律拟制为一个行为，只适用盗窃罪就能对行为人的不法内涵做出全面的评价，因此，它成为不可罚的前行为，没有必要再适用非法侵入他人住宅罪的法条规定。