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招标代理机构管理混乱的问题包括代理行为尚不规范、人员素质有待提高、整体规模小水平低、相关法规建设滞后、市场地位认同度不够，详细的内容请阅读下文。。
代理行为尚不规范
个别代理机构为承揽任务，违背市场竞争的基本准则，压低代理费，恶意竞争;向建设单位作一些不切实际的承诺，诸如：保证建设单位中意的投标单位中标等。二是因自身业务水平限制，导致招标代理工作失误，给招标单位和投标单位造成了损失。三是招标人行为的不规范直接导致代理行为的不规范。代理作为建筑市场第三方的中介机构，本应依据公开、公正、公平和诚实信用的原则开展工作，但实际工作中，往往因各种原因受到建设单位的制约，在代理活动中时时会体现建设单位的意图，很难做到公正、公平，所以从源头上规范建设单位的行为，才能规范代理行为。
人员素质有待提高
从事招标代理业务的应是高智力、复合型的人才，但由于招标代理机构成立时间有限，多数从业人员虽从事过工程技术管理、咨询等工作，但对招标投标了解不多，更缺乏实际操作经验。在代理过程中，也往往因为法制意识淡薄、业务水平低下，或在原则性问题上易受建设单位意志的影响，或导致招标投标的失误，造成不良影响和不可弥补的损失。
整体规模小水平低
招标代理机构从企业规模、技术水平、服务质量上与国内、国际同行业先进水平相比，差距悬殊。尤其随着我国入世承诺的兑现，国外咨询业的巨头随时可能抢占中国市场，其雄厚的实力、丰富的经验、先进的技术手段将令我们刚刚起步的代理机构面临着生存与发展的考验。
相关法规建设滞后
除《招标投标法》和建设部79号令《工程建设项目招标代理机构资格认定办法》外，目前国家尚未出台配套的招标代理机构管理办法，在一些情况下，使代理机构无所适从，也给政府实施有效监督管理增加了难度。
市场地位认同度不够
虽然在《招标投标法》中规定：“招标人有权自行选择招标代理机构，委托其办理招标事宜。”《山东省建设工程建设单位招标资格管理暂行规定》第七条规定：“建设单位招标机构经审查批准具备招标资格的可组织招标;不具备招标资格的，应委托经建设行政主管部门批准的具有相应资质的招标业务代理机构办理。”但是某些不具备招标资格的建设单位片面认为招标代理没有必要，是多花钱，不肯委托代理;或者压低代理取费，或者附带一些不合理条件。从长期发展来看，这些做法不可能获得高质量的服务，也不可能培育出高水平的行业队伍。
对此，笔者认为，招标代理机构必须清醒地认识现状，理清思路，进一步抢抓机遇，力求在短期内提高企业素质，提升核心竞争力，迎接国际化竞争的挑战。同时，政府部门也将进一步转变政府职能，完善管理体制，使其更适应市场经济和参与国际经济合作与竞争的要求，逐步实现管理行为法制化、管理形式科学化、管理主体知识化、管理过程信息化，提高行政管理水平和公共服务能力。
因而，笔者以为，首先要建立招标代理职业道德标准及信用评价体系，建立健全各项规章制度，以加强代理机构管理，整合招标代理队伍，促进其向规范化、法制化方向发展;同时，要加强代理从业人员的培训，提高其综合协调能力、语言交流能力、社交能力、写作能力等多方面的才能，构筑一个复合型的人才高地，要强化职业道德水平，提高从业人员的整体素质;其次，要发挥行业协会的职能，充分发挥桥梁纽带作用，加强政府与企业间的交流与沟通，组织资格管理、人员培训、学术讨论、市场调研等工作，及时了解企业对政府管理、行业发展的意见和建议，并提出对策，为政府部门制定政策提供支持;要重点培育一批上规模、上水平的代理机构，积极培育招标代理市场，激活招标代理市场，扩大需求。要加强代理同行的交流和代理发展的科学理论研究。
招标代理是建筑市场的新兴事物，是建筑行业的朝阳产业，如何使其健康、持续地发展，其中有很多问题有待深入研究。加强横向与纵向的合作与交流，发展与完善相关的科学理论，走出一条有中国特色的、符合国际惯例的、具有竞争力的招标代理之路。