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(1)个人所得税的处理：缴纳个人所得税
根据国家税务总局《关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》(国税发[1997]198号)规定：股份制企业用盈余公积金派发红股属于股息、红利性质的分配，对个人取得的红股数额，应按照20%的税率征收个人所得税。同时，根据国家税务总局《关于盈余公积金转增注册资本征收个人所得税问题的批复》(国税函[1998]333号)，公司将从税后利润中提取的法定公积金和任意公积金转增注册资本，实际上是该公司将盈余公积金向股东分配了股息、红利，股东再以分得的股息、红利增加注册资本。因此，对属于个人股东分得并再投入公司(转增注册资本)的部分应按照"利息、股息、红利所得"项目征收个人所得税。
(2)企业所得税的处理：免企业所得税
公司将从税后利润中提取的法定公积金和任意公积金转增注册资本，实际上是该公司将盈余公积金向股东分配了股息、红利，股东再以分得的股息、红利增加注册资本。《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定：“企业的下列收入为免税收入：(二)符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益;”《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条规定：“企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第(二)项和第(三)项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。因此，如果股东为法人或公司，被投资企业的盈余公积转增资本时，法人股东按照投资比例增加的部分注册资本是免企业所得税。