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根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函[2009]617号)规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》(国税发[2003]17号)第一条“增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额”的规定同时废止。
上述国税函[2009]617号文规定的“并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额”是从申报期角度进行表述，而国税发[2003]17号第二条规定的“应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额”是从进项税额所属期角度进行表述，两者实际口径是一致的。国税函[2009]617号文新规定出台后，国税发[2003]17号文第二条的规定并没有废止。
值得注意的是，新规定调整增值税扣税凭证抵扣期限是针对取得2010年1月1日以后开具的增值税扣税凭证，而对取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍应按原规定执行。另外，增值税一般纳税人取得扣税凭证未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。