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1999年12月20日，中国政府已对澳门恢复行使主权，这是本世纪内举国同庆的最后一件盛典。国家决定，当澳门回归祖国时，根据《中华人民共和国宪法》第31条的规定，设立澳门特别行政区，并按照“一个国家，两种制度”的方针，不在澳门实行社会主义制度和政策。全国人民代表大会授权澳门特别行政区(以下简称“澳门特区”)依照《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》(以下简称“澳门基本法”)的规定，实行高度自治，享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。那时以后，中国内地与澳门特区(以下简称“两地”)互涉的刑事案件，如何划分刑事司法管辖权，就成为处理涉及两地刑事案件的首要问题，也是两地刑事司法协助的前提和基础性问题。本文拟就两地刑事司法管辖权的差异、划分的原则，以及所涉及的具体管辖的划分等问题试作论述，就教于各位专家、学者。
一、两地刑事司法管辖权的主要差异
刑事管辖权是指一个国家或者地区在其刑事法律中规定的其刑法的适用范围，即刑法在什么地方、对于什么人、在什么时间内的犯罪行为具有效力，从而行使刑事司法管辖权。刑事司法管辖权是指司法机关依法受理刑事诉讼案件的范围，主要包括对刑事犯罪依法拥有的侦查、起诉、审判和执行的权能。本文拟主要探讨后者。
我国内地与澳门特区刑事司法管辖权的差异，主要表现在：
(一)两地法律制度的规定及其性质不同
我国内地实行社会主义的法律制度。按照澳门基本法第5、8、18条的规定，澳门特区不实行社会主义的制度和政策，保持原有的资本主义制度和生活方式，实行的法律是澳门基本法和基本上保留的澳门原有的法律以及澳门特区立法机关制定的法律。因此，两地法律制度的规定及其性质都有很大的不同，这是两种社会制度在两地法律制度上的反映。
(二)两地区际刑事司法管辖冲突与国际刑事司法管辖冲突的性质不同
我国内地与澳门特区的刑事司法管辖冲突的性质，是属于单一制国家内的内地各省、自治区、直辖市同澳门特区之间不同法域的区际刑事司法管辖冲突。它们在维护国家主权统一、领土完整，在维护国家利益、社会公共秩序和保护人民权益以及依法惩罚犯罪等方面是一致的，但是由于不同的法律规定，而形成在刑事司法管辖方面的冲突或者竞合。这与国际刑事司法管辖冲突的性质不同，因为后者涉及不同国家之间的国家主权、国家、社会和公民利益是否受到损害的问题。因此，在一国之内，区际刑事司法管辖权的划分，可以参考解决国际刑事司法管辖权的一些原则和做法，但不能照搬或者套用。