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根据商标法及有关法律的规定，商标使用许可合同应当报商标局备案。商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。
我国《商标法》及《商标法实施条例》并未规定商标使用许可合同未经备案在双方当事人之间许可使用合同无效。另外，将许可使用合同交送存查、报送备案，主要是为了第三人查阅，起到公示的作用，是为了第三人的利益，所以商标许可使用合同未交送存查，报送备案的，该合同被许可人取得的权利不能对抗第三人。在民法惯例上，除了法律明文规定将交送存查、报送备案作为合同生效的条件外，一般都将未依法交送存查、报送备案的行为后果确定为不能对抗第三人。这样的处理，对合同双方当事人和第三人都无不利，也不影响行政管理机关追究合同双方当事人的行政责任。
最高人民法院于2002年10月12日发布的《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第19条规定，商标使用许可合同未经备案的，不影响许可合同的效力，但当事人另有约定的除外。商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。从这一条来看，对商标使用许可合同备案的性质已经有了比较明确的界定。
[法律依据] 《商标法》第40条; 《商标法实施条例》第43条;2002年10月12日《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第19条。