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国税的内部控制制度是为了强化内部管理、提高效益和防范风险建立起来的。从防范内部风险来看，内部控制主要在以下几个方面有所作为。
首先，严谨的内部控制制度可以使银行决策科学化，减少决策风险。决策失误是最大的失误，决策不能随心所欲。要做到决策正确，决策所依据的信息必须真实、正确、及时可靠。这就要求国税建立高效的信息系统，并建立确保信息系统安全准确运行的内部管理制度;另外，对于同样的信息，不同的人可能有不同的看法，科学的决策程序是确保决策正确，减少决策失败的有效保证。
其次，不断完善中的内部控制制度可以使国税组织机构更合理、更有效率。国税的组织机构是否合理高效，对国税内部管理的效果有着直接的影响。内部控制制度要求组织机构能够保证部门之间的权责划分明确、清晰，便于操作，能够保证部门之间的信息沟通方便、快捷，准确无误，能够在部门之间或部门内部建立必要的监督机制。但组织机构的安排和职责划分，要体现效率原则。内部控制人员发现在控制内部环境(如组织机构)和控制程序(如组织机构的权责划分、办事流程)上存在的弊端后，可以向领导层反馈，对组织结构进行调整;在组织机构权责和办事流程上，可以要求加以改进;针对发现的风险点，督促有关机构采取措施予以改正。通过不断完善的内部控制制度，来不断完善组织机构，使之为国税的两性目标服务。
最后，严密的内部控制使国税各项内部管理制度更趋完善，制度得以落实。国税的内部风险在很大程度上是制度风险。国税业务总是向前发展的，而制度一旦制定，就相对稳定。因而从某种意义上说，制度总是落后于业务的，各种业务规章制度和操作规程需要不断的改进和完善。
为使国税的内部控制制度严密和有效，可以有多种途径对其进行完善。一是业务部门的操作人员和检查人员发现制度的漏洞，反馈到业务部门，业务部门对制度进行修改;二是内部审计稽核部门在审计稽核中发现的问题要求业务部门改进;三是外审检查部门发现问题要求国税(业务部门)进行整改，督促业务部门在制度上和制度执行上进行改正。