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一、举证责任倒置的依据
在医疗行为引起的侵权诉讼中，施行“举证责任倒置”的法理依据，主要是医患双方地位不平等和医患双方的信息不对称，导致患方举证困难。从2002年4月1日起，在我国因医疗行为侵权的诉讼中，开始实行举证方式上的改革。患者将不再承担对医疗行为与损害结果的因果关系以及医疗过程有无过错的举证责任，而改由医疗机构来承担。这一转变来源于2001年12月21日公布的《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》。其规定为：因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系以及医疗过程有无过错承担举证的责任。这与《民事诉讼法》中“谁主张，谁举证”的方式正好相反，即一方当事人提出的主张而由对方当事人承担举证责任。这就是通常被称为的“举证责任倒置”。对于这一规定，很多人不理解，并且错误地认为患方不需要承担任何举证责任。对此，最高人民法院民一庭负责人在答《人民法院报》记者问时，明确指出这条规定至少包含以下三层含义：
1.患者应当承担初步举证责任。在医疗损害赔偿诉讼中，患者应当对损害赔偿请求权的成立，负有初步的举证责任。即原告首先应当证明其与医疗机构间存在医疗服务合同关系，接受过被告医疗机构的诊断、治疗，并因此受到损害。这种证据法理论上“提出证据责任”。如果患者不能提供证据对上述问题提供证据予以证明，其请求权是不能得到人民法院支持的。
2.举证责任是可以转移的。如果患者对损害赔偿请求权成立的证明达到了表见真实的程度，证明责任就向医疗机构转移。也就是说这样的情况下，医疗机构应当提供证据反驳原告的诉讼请求，即医疗机构应当证明其医疗行为与损害结果之间不存在因果关系或其医疗行为没有过错，这是合情合理的。如果医疗机构不能提出具有合理说服力，足以使人信赖的证据，医疗机构就要承担败诉的结果。从这种意义上讲，“医疗侵权”的举证责任并非倒置，而是举证责任转移的结果。
3.确定责任转移的依据。确定由医疗机构对不存在因果关系和不存在医疗过错承担证明责任，主要基于以下三点考虑：首先，患者的医学知识非常有限，并且在治疗过程也处于被动服从的地位：医疗机构则通过检查﹑化验等诊疗手段掌握和了解患者的生理、病理状况，制定治疗方案﹑熟悉治疗过程。如患者因手术治疗过的。因此，依据公平和诚实信用原则，应当由医疗机构承担举证责任。其次，按错造成损害的，其在手术过程中一直处于麻醉的状态，对医疗过程是不可能知道照举证责任的实质分配标准，举证责任应当由距离证据最近或者控制证据源的一方当事人负担。诊疗过程中的检查﹑化验、病程记录都由医疗机构方面实施或掌握，医疗机构是控制证据源﹑距离证据最近的一方，由其承担举证责任，符合举证责任分配的实质标准。再次，对因果关系和医疗过失的认定，涉及医学领域中的专门问题，一般都要通过鉴定才能认定。
二、医患双方在举证责任的分配上应按以下方式划分：
1.受害人(患者或其法定代理人)的举证责任：在医疗行为引起的侵权诉讼中，受害人应当就自己受损害的事实和接受过医疗的事实承担举证责任。损害包括病员生命和健康的损害，患者本人及其亲属的财产损害和精神损害。接受医疗的事实可以通过挂号、交费等诊疗手续来证明。
2.医疗机构的举证责任：医疗机构是指医院或经过卫生行政机关批准或承认的各级各类医疗卫生技术人员。在医疗行为引起的侵权诉讼中，医疗机构应当承担如下举证责任：
⑴病员的损害结果与医疗机构的医疗行为之间不存在因果关系。侵权责任中的因果关系是指违法行为与损害结果之间的因果关系。在多数案件中，医疗行为与病员损害之间的因果关系比较明确。但在一些疑难、复杂的医疗纠纷中，必须经过专门技术鉴定方可确定因果关系。
⑵医疗机构不存在医疗过错。医疗机构如果要免除自己承担的侵权责任，就要证明自己在诊疗过程中不存在医疗过错。有的学者在这方面已经作了一些探索和研究，是值得借鉴和参考的。他们认为，医疗机构证明自己没有医疗过错的途径表现为：
第一、损害结果属于医疗意外。医疗意外是指医疗机构无法预料的原因造成的损害后果或医疗机构确实无法避免医疗损害结果;
第二、出现了难以预料的并发症。这种“并发症”必须是难以预料和难以避免时，才可以成为免责的条件;
第三、病员及其家属不配合治疗。如果病员及其家属不配合治疗是造成损害后果的全部原因，则可以免除医疗机构的赔偿责任;如果病员及其家属不配合治疗只是损害后果的出现的原因之一，医疗机构也有过失时，应依过失相抵的原则，由双方分担责任。